Показать меню
28 дек 14:32Политика

Новая нейросеть сделает популярный метод редактирования генома более точным

Новая нейросеть сделает популярный метод редактирования генома более точным

Российские биоинформатики предложили новую архитектуру нейронной сети, которая способна предсказать, насколько точно выбрана РНК, нацеливающая на редактируемый ген РНК в популярном методе редактирования генома CRISPR/Cas. Результаты работы, выполненной при поддержке гранта Российского научного фонда, опубликованы в журнале Nucleic Acids Research. Кратко о них рассказала пресс-служба фонда.

В природе система CRISPR/Cas служит для защиты бактерий от вирусов. При заражении геном вируса оказывается внутри бактериальной клетки, но поскольку его последовательности отличаются от бактериального генома, Cas-белки распознают вирусный геном как чужеродный и разрезают его. Чтобы в дальнейшем бактерия могла быстрее среагировать на вирус, фрагменты ДНК вируса сохраняются в клетке — почти как база вирусных сигнатур в компьютерном антивирусе. Они передаются из поколения в поколение и используются Cas-белками для защиты от новых вторжений.

В 2011–2013 годах ученые из разных лабораторий мира (Д. Даудна, Э. Шарпентье, Ф. Джанг в США и В. Шикснис в Литве) независимо друг от друга смогли адаптировать систему CRISPR/Cas к изменению произвольных последовательностей ДНК в клетках человека и животных, сделав редактирование генома значительно проще и эффективнее. Ключевые элементы технологии — гидовая, или наводящая, РНК и белок Cas9, который разрезает ДНК в месте, соответствующем ее последовательности. Затем клетка «залечит» разрез, но изменения уже будут внесены. Однако наводящая РНК не всегда попадает в нужное место и может неверно направить «генетические ножницы» Cas9.

Ученые из Сколтеха под руководством Константина Северинова применили глубокое обучение, гауссовские процессы и другие методы, чтобы решить проблему более точного выбора оптимальных наводящих РНК. Результатом стал набор нейросетей, которые представляют собой математические модели, реализованные в виде последовательных умножений матриц — больших наборов чисел со сложной внутренней структурой. Нейросеть способна к обучению благодаря наличию «памяти», определенным образом изменяемой каждый раз, когда система считает в режиме тренировки. Модели были обучены на разных наборах данных, содержащих десятки тысяч экспериментально подтвержденных гидовых РНК, с высокой точностью сработавших на клетках человека и других животных.

Алгоритм, предложенный учеными из Сколтеха, оценивает вероятности разрезания ДНК-мишеней в правильном месте для заданных гидовых РНК. На это можно ориентироваться при выборе инструмента редактирования в любой технологии, основанной на CRISPR/Cas. Ученые уже предложили заранее рассчитанный их нейросетью набор гидовых последовательностей РНК, позволяющих точно изменять гены 22-й хромосомы человека. Это стало возможным благодаря точности предсказания частоты разрезания и добавлению оценки погрешности, которую не предоставлял ни один ранее разработанный для решения такой задачи метод.

«Результаты нашей работы могут быть применимы в любом приложении технологий, которые основаны на CRISPR/Cas, будь то терапия генетических заболеваний, агротехнологии или эксперименты в фундаментальных научных исследованиях», — рассказывает аспирант Сколтеха Богдан Кириллов, один из создателей нового метода и первый автор статьи.

По материалам: polit
Добавить комментарий
Ваше Имя:
Ваш E-Mail:
Введите два слова, показанных на изображении: *
Лента новостей
Fix Price подарил Петрозаводску сиреневую аллею10:03Эксперты ​​«X5 Клуба» назвали популярные привычки и лайфхаки россиян для оптимизации кухонного хозяйства20:49Маркетинговые войны: как асбест превратили в страшилку для потребителя19:02Грандиозный праздник добра: в Ярославле стартует кинофестиваль «В кругу семьи»22:49Уникальный видеодокумент о великом подвижнике Александре Ермакове представили в ВК19:04Беспилотные технологии в армии: новый этап военной революции22:03РБК: На стенде «Уралхима» на ПМЭФ экспонируется подлинный орден «Победа»17:53«Русская Медиагруппа» стала инфопартнёром VI Семейного образовательного форума Агутина16:04Знаковое для музыкальной индустрии и для большого артиста событие. Дима Билан презентовал свой новый альбом «Vector V»09:57В «X5 Клуб» рассказали о сотрудничестве с Московским зоопарком11:26Выставка «Креативные решения экологических проблем» в московском экоцентре Сборка20:50Спрос на недвижимость летом начнет расти00:50ЮАЗ и ТД «Руст-95» провели благотворительный праздник для детей в Оренбурге20:25Круглый стол «Art Law. Искусство и право: XXI век» прошёл в Государственном Эрмитаже16:52Российские ИТ-лидеры создают центр компетенций для поддержки цифрового бизнеса20:26Внедрение цифровых технологий в работу торговых компаний: как инновационные решения меняют облик малого бизнеса20:03Infoway Marketing: Презентация технологий в Дубае повысила привлекательность акций холдинга Si14 AG19:58Процесс производства резиновой смеси включает в себя несколько этапов16:30
Популярные новости